De naturområden Naturstiftelsen förvaltar skyddas direkt i linje med stiftelsens stadgar. För att stärka skyddet ytterligare kan en skyddad yta även ingå i möjliga skyddsavtal. Naturstiftelsens naturområden har alltid stiftelsens stadgar som skydd, vilket alltid prioriterar den biologiska mångfalden högst.
Naturstiftelsen kan även ingå avtal med markägare för att förbättra de ekologiska effekterna av programmet Ekokluster. Exempel på avtal kan vara att skydda ekokorridorer mellan skyddade områden för att skapa sammanhängande naturområden.